DaliLite: Structural Neighbours

Query: 1T3UD MOLECULE: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN;

The output is truncated at max 100 structural neighbours. Matches are sorted by Z-score. Similarities with a Z-score lower than 2 are spurious.
Summary

Notation:
Chain: PDB entry code plus chain identifier
Z: normalized Z-score that depends on the size of the structures. The program optimises a weighted sum of similarities of intramolecular distances.
rmsd: root-mean-square deviation of C-alpha atoms in the least-squares superimposition of the structurally equivalent C-alpha atoms. The program does not optimise rmsd, this is only reported for your information.
lali: number of structurally equivalent residues
nres: number of amino acids in the protein
%id: percentage of identical amino acids over all structurally equivalent residues
Description: the COMPND record from the PDB entry
  No:  Chain   Z    rmsd lali nres  %id  Description
   1:  1T3U-A 10.5  5.5   89    92  100   CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN;                            "         
   2:  2CTK-A  3.3  3.2   45   104    7   VIGILIN;                                                   "         
   3:  1YBX-A  3.3  3.3   42    91   12   CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN;                            "         
   4:  1J8B-A  3.2  3.5   43    92    7   YBAB;                                                      "         
   5:  2OAU-A  3.1 10.9   47   254    4   SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL;                "         
   6:  2D9X-A  3.1  2.7   42   120   21   OXYSTEROL BINDING PROTEIN-RELATED PROTEIN 11;              "         
   7:  2PFD-A  3.0  8.0   54   540   13   FORMIMIDOYLTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE;                     "         
   8:  1EC6-A  3.0  2.4   44    87    7   RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2;                                "         
   9:  1U7U-A  2.8  2.1   39   198   10   COENZYME A BIOSYNTHESIS BIFUNCTIONAL PROTEIN               "         
  10:  1MKM-A  2.8  2.4   40   246    0   ICLR TRANSCRIPTIONAL REGULATOR;                            "         
  11:  1NW3-A  2.7  9.4   56   328    7   HISTONE METHYLTRANSFERASE DOT1L;                           "         
  12:  2CTJ-A  2.6  4.3   45    95   16   VIGILIN;                                                   "         
  13:  2BDP-A  2.6  2.6   39   580   10   PROTEIN (DNA POLYMERASE I);                                "         
  14:  1WE8-A  2.6  3.6   45   104   11   TUDOR AND KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN;                    "         
  15:  2Q3Q-A  2.3  1.5   38   120    8   UNCHARACTERIZED PROTEIN AT1G24000;                         "         
  16:  2PHC-B  2.1  3.3   40   215   10   UNCHARACTERIZED PROTEIN PH0987;                            "         
  17:  2BX2-L  2.1  9.6   58   500    5   RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*               "         
  18:  2BBF-A  2.1  4.5   48   367    6   TRNA GUANINE TRANSGLYCOSYLASE;                             "         
  19:  1Z1B-A  2.1 10.3   72   349   10   INTEGRASE;                                                 "         
  20:  1LXN-A  2.1  2.9   38    99   16   HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1187;                              "         
  21:  2OTJ-E  2.0  3.3   60   172    3   23S RIBOSOMAL RNA;                                         "         
-

No 1: 1T3UA  MOLECULE: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN;                            

DSSP  llLEEEEELLEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLHHHHHHHHHHHHH
Query snTLTVQILDKEYCINCPDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIGADRVAVXAALNIT   60
ident   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct ..TLTVQILDKEYCINCPDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIGADRVAVXAALNIT   58
DSSP  ..LEEEEELLEEEEELLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL...
Query HDLLHRKERLDQESSSTRERVRELLDRVDRA...   91
ident |||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct HDLLHRKERLDQESSSTRERVRELLDRVDRAlan   92
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhl


No 2: 2CTKA  MOLECULE: VIGILIN;                                                   

DSSP  ...............LLLEEEEELL..................................e
Query ...............SNTLTVQILD..................................k   11
ident                  |  |                                       
Sbjct gssgssgkealealvPVTIEVEVPFdlhryvigqkgsgirkmmdefevnihvpapelqsd   60
DSSP  lllllllllllllllLEEEEEELLHhhhhhhhllllhhhhhhhhhllleeelllllllll


DSSP  EEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query EYCINCPDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIgadrvavxaalnithdllhrkerld   71
ident    |                                                        
Sbjct IIAITGLAANLDRAKAGLLERVKELQAEQEDRALR.........................   95
DSSP  EEEEEELHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.........................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query qessstrervrelldrvdra   91
ident                     
Sbjct ...........sfksgpssg  104
DSSP  ...........lllllllll


No 3: 1YBXA  MOLECULE: CONSERVED HYPOTHETICAL PROTEIN;                            

DSSP  .................................lLLEEEEELL..eEEEEL.........
Query .................................sNTLTVQILD..kEYCIN.........   16
ident                                       |                     
Sbjct innlvkqaqkxqrdxervqeelkektveasagggAVTVVATGRkdiKEITIkpevvdpdd   60
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhleeeeeelllLEEEEEELLlleEEEEElhhhlllll


DSSP  ..lLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query ..cPDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVigadrvavxaalnithdllhrkerldqes   74
ident      |        |      |     |                                
Sbjct vexLQDLILAAVNEALRKADEXVTAEISKIT.............................   91
DSSP  hhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.............................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhll
Query sstrervrelldrvdra   91
ident                  
Sbjct .................   91
DSSP  .................


No 4: 1J8BA  MOLECULE: YBAB;                                                      

DSSP  .................................lLLEEEEELL..eEEEEL.........
Query .................................sNTLTVQILD..kEYCIN.........   16
ident                                                             
Sbjct lgglxkqaqqxqekxqkxqeeiaqlevtgesgagLVKITINGAhncRRIDIdpslxeddk   60
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllleeeeeehhhLEEEEEELLlleEEEEElhhhhhllh


DSSP  .lLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query .cPDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIgadrvavxaalnithdllhrkerldqess   75
ident     |  |     |                                              
Sbjct exLEDLIAAAFNDAVRRAEELQKEKXASVTA.............................   91
DSSP  hhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL.............................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhll
Query strervrelldrvdra   91
ident                 
Sbjct ...............g   92
DSSP  ...............l


No 5: 2OAUA  MOLECULE: SMALL-CONDUCTANCE MECHANOSENSITIVE CHANNEL;                

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct yavnivaalaiiivgliiarmisnavnrlmisrkidatvadflsalvrygiiaftliaal   60
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct grvgvqtasviavlgaaglavglalqgslsnlaagvllvmfrpfrageyvdlggvagtvl  120
DSSP  hhlllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllleeelllleeeee


DSSP  ....................................LLLEEEEE................
Query ....................................SNTLTVQI................    8
ident                                            |                
Sbjct svqifsttmrtadgkiivipngkiiagniinfsrepVRRNEFIIgvaydsdidqvkqilt  180
DSSP  eellleeeeeelllleeeeehhhhhhlleeelllllEEEEEEEEeelllllhhhhhhhhh


DSSP  ..........................llEEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHl
Query ..........................ldKEYCINCPDDERANLESAARYLDGKXREIRSs   42
ident                                          |                  
Sbjct niiqsedrilkdremtvrlnelgassinFVVRVWSNSGDLQNVYWDVLERIKREFDAAG.  239
DSSP  hhhhhllllllllleeeeeeellllleeEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.


DSSP  llllLHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhhhhhll
Query gkviGADRvavxaalnithdllhrkerldqesssTRERvrelldrvdra   91
ident                                                  
Sbjct ...iSFPY....................pqmdvnFKRV...........  254
DSSP  ...lLLLL....................leeeeeEELL...........


No 6: 2D9XA  MOLECULE: OXYSTEROL BINDING PROTEIN-RELATED PROTEIN 11;              

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct gssgssgenvygylmkytnlvtgwqyrffvlnneaglleyfvneqsrnqkprgtlqlaga   60
DSSP  lllllllllleeeeeeeeellleeeeeeeeellllleeeeellhhhlllllleeeellll


DSSP  ........LLLEEEE.elLEEEEELL.LHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhLLLLllhhh
Query ........SNTLTVQ.ilDKEYCINC.PDDERANLESAARYLDGKXREIRsSGKVigadr   50
ident         | | ||       |        ||    |          |            
Sbjct vispsdedSHTFTVNaasGEQYKLRAtDAKERQHWVSRLQICTQHHTEAI.GKNN.....  114
DSSP  leelllllLLLEEELlllLLLEEELLlLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL.LLLL.....


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query vavxaalnithdllhrkerldqessstrervrelldrvdra   91
ident                                          
Sbjct ...................................sgpssg  120
DSSP  ...................................llllll


No 7: 2PFDA  MOLECULE: FORMIMIDOYLTRANSFERASE-CYCLODEAMINASE;                     

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct sqlvecvpnfsegnnqevidaisqaisqtpgcvlldvdagpstnrtvytfvgqpecvveg   60
DSSP  lleeeelleelllllhhhhhhhhhhlllllleeeeeeeeelllleeeeeeeelhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct alsaartasqlidxrkhkgehprxgaldvcpfipvrgvsxdecvlcakafgqrlaeelnv  120
DSSP  hhhhhhhhhllllhhhlllllllllllleeeeeeeelllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct pvylygeaaqxpsrqtlpairageyealpeklkqaewvpdfgpssfvpswgatvtgarkf  180
DSSP  leeeeellllllllllhhhhlllllllhhhhllllllllllllllllllllleeeeelll


DSSP  LLLEEEEELL........................................EEEEELLLHH
Query SNTLTVQILD........................................KEYCINCPDD   20
ident         |                                              |  | 
Sbjct LIAFNINLLStkeqahrialnlreqgrgkdqpgrlkkvqgigwyleeknlAQVSTNLLDF  240
DSSP  LEEEEEEELLlhhhhhhhhhhhllllllllllllllleeeeeeeelllleEEEEEEELLL


DSSP  ...HHHHHHHHHHHHHHHHH........................................
Query ...ERANLESAARYLDGKXR........................................   37
ident            ||                                               
Sbjct evtALHTVYEEARREAQELNlpvvgsqlvglvplkalldaaafycdkeklfvleeehrir  300
DSSP  lllLHHHHHHHHHHHHHLLLlleeeeeeellllhhhhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   37
ident                                                             
Sbjct lvvnrlgldslapfdpkeriieylvpdsgpeqslldaslrafvrevgarsaapgggsvaa  360
DSSP  hhhhlllllllllllhhhhlhhhhlllllllllhhhllhhhhhhhhlllllllllhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   37
ident                                                             
Sbjct avaalgaalasxvgqxtygrrqfdhldstxrrlippfhaasaqltslvdadarafaaclg  420
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhlllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ..hhhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHH...................
Query ..eirssgkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqESSS...................   76
ident                                                             
Sbjct aiklpkntpeerdrrtcalqeglrqavavplklaetvSQLWpalqelaqcgnlsclsdlq  480
DSSP  hhllllllhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHhhhhhhllllllllhhhhh


DSSP  ............................................hhHHHHHHHHHHHLL.
Query ............................................trERVRELLDRVDRA.   91
ident                                                    |     |  
Sbjct vaakaletgvfgayfnvlinlkdxtddvfkektrhrissllqeaktQAALVLGSLEARKe  540
DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHLl


No 8: 1EC6A  MOLECULE: RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2;                                

DSSP  .lLLEEEEELL.......................................EEEEElLLHH
Query .sNTLTVQILD.......................................KEYCInCPDD   20
ident                                                       |     
Sbjct mkELVEIAVPEnlvgailgkggktlveyqeltgariqiskkgeflpgtrnRRVTI.TGSP   59
DSSP  llLEEEEEEEHhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhlleeeellllllllllleEEEEE.ELLH


DSSP  .HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query .ERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIgadrvavxaalnithdllhrkerldqessstre   79
ident                     | |                                     
Sbjct aATQAAQYLISQRVTYEQGVRASNPQK.................................   86
DSSP  hHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLL.................................


DSSP  hhhhhhhhhhll
Query rvrelldrvdra   91
ident             
Sbjct ...........v   87
DSSP  ...........l


No 9: 1U7UA  MOLECULE: COENZYME A BIOSYNTHESIS BIFUNCTIONAL PROTEIN               

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct pvndlkhlnimitagptrepldpvryisdhssgkmgfaiaaaaarrganvtlvsgpvslp   60
DSSP  lllllllleeeeeelllleeeelleeellllllhhhhhhhhhhhlllleeeeeellllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct tppfvkrvdvmtalemeaavnasvqqqnifigcaavadyraaltikmvknpdivagvaal  120
DSSP  llllleeeelllhhhhhhhhhhhhhhlleeeellllllllllllllllllllhhhhhhll


DSSP  ......................................LLLEEEEELLEEEEELLLH.HH
Query ......................................SNTLTVQILDKEYCINCPD.DE   21
ident                                        | |     |            
Sbjct kdhrpyvvgfaaetnnveeyarqkrirknldlicansdNNALHLFWQDGDKVLPLERkEL  180
DSSP  llllleeeeeelllllhhhhhhhhhhhlllleeeelllEEEEEEEELLEEEEEEEEEhHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHhhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query RANLESAARYLDGKXREIrssgkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqessstrerv   81
ident    |                                                        
Sbjct LGQLLLDEIVTRYDEKNR..........................................  198
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHL..........................................


DSSP  hhhhhhhhll
Query relldrvdra   91
ident           
Sbjct ..........  198
DSSP  ..........


No 10: 1MKMA  MOLECULE: ICLR TRANSCRIPTIONAL REGULATOR;                            

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct mntlkkafeildfivknpgdvsvseiaekfnmsvsnaykymvvleekgfvlrkkdkryvp   60
DSSP  lllhhhhhhhhhhhhhllllllhhhhhhhllllhhhhhhhhhhhhhllleeellllleee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct gyklieygsfvlrrfnirdiahdhlvdimkrtgetvhlilkdgfegvyidkvegeqsipm  120
DSSP  llhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeeellleeeeeeeellllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct vsrlgmkvdlystasgksilafvpekelkeylkivelkpktpntitnprvlkrelekirk  180
DSSP  lllllleeellllhhhhhhhhhllhhhhhhhhhhlllllllllllllhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............lLLEEEEEL........LEEEEEL....LLHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query ............sNTLTVQIL........DKEYCIN....CPDDERANLESAARYLDGKX   36
ident                                                             
Sbjct rgyavdneeneigIMCVGVPIfdhngypvAGVSISGvarkFTEEKIEEYSDVLKEKAEEI  240
DSSP  hlleeeellllllEEEEEEEEellllleeEEEEEEEehhhLLHHHHHHHHHHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query REIRSsgkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqessstrervrelldrvdra   91
ident                                                        
Sbjct SRKLG.................................................y  246
DSSP  HHHLL.................................................l


No 11: 1NW3A  MOLECULE: HISTONE METHYLTRANSFERASE DOT1L;                           

DSSP  lllEEEEEL......LEEEEEL......................................
Query sntLTVQIL......DKEYCIN......................................   16
ident    |              |                                         
Sbjct ...LELRLKspvgaePAVYPWPlpvydkhhdaaheiietirwvceeipdlklamenyvli   57
DSSP  ...LEEEELllllllLEEEELLlleeelleehhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhllllll


DSSP  .llHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL....LLLL........................
Query .cpDDERANLESAARYLDGKXREIRSSG....KVIG........................   47
ident                        |                                    
Sbjct dydTKSFESMQRLCDKYNRAIDSIHQLWkgttQPMKlntrpstgllrhilqqvynhsvtd  117
DSSP  lllLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhlllLLLLllllllhhhhhhhhhhhhhhhlll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   47
ident                                                             
Sbjct peklnnyepfspevygetsfdlvaqmideikmtdddlfvdlgsgvgqvvlqvaaatnckh  177
DSSP  hhhhhllllllllllllllhhhhhhhhhhllllllleeeeelllllhhhhhhhhhlllle


DSSP  ...............................hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query ...............................adrvavxaalnithdllhrkerldqesss   76
ident                                                             
Sbjct hygvekadipakyaetmdrefrkwmkwygkkhaeytlergdflseewreriantsvifvn  237
DSSP  eeeeellhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllllleeeeelllllhhhhhhhhhlleeeel


DSSP  hHHHHHHHHHHHHLL.............................................
Query tRERVRELLDRVDRA.............................................   91
ident       |                                                     
Sbjct nFAFGPEVDHQLKERfanmkeggrivsskpfaplnfrinsrnlsdigtimrvvelsplkg  297
DSSP  lLLLLHHHHHHHHHHhllllllleeeellllllllllllllllllhhhheeeeellllll


DSSP  ...............................
Query ...............................   91
ident                                
Sbjct svswtgkpvsyylhtidrtilenyfsslknp  328
DSSP  llllllllllleeeeellhhhhhhhhhhhll


No 12: 2CTJA  MOLECULE: VIGILIN;                                                   

DSSP  ...............LLLEEEEELL...................................
Query ...............SNTLTVQILD...................................   10
ident                     | |                                     
Sbjct gssgssgsiqkdlanIAEVEVSIPAklhnsligtkgrlirsimeecggvhihfpvegsgs   60
DSSP  lllllllllllllllLLLEEEELLHhhhhhhhllllhhhhhhhhhhllleeellllllll


DSSP  EEEEELLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHLLllllhhhhhhhhhHHHHhhhhhhhhhh
Query KEYCINCPDDERANLESAARYLDGKXReiRSSGkvigadrvavxaaLNIThdllhrkerl   70
ident     |  |             |         ||                           
Sbjct DTVVIRGPSSDVEKAKKQLLHLAEEKQ..TKSG.............PSSG..........   95
DSSP  LEEEEELLHHHHHHHHHHHHHHHHHHL..LLLL.............LLLL..........


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query dqessstrervrelldrvdra   91
ident                      
Sbjct .....................   95
DSSP  .....................


No 13: 2BDPA  MOLECULE: PROTEIN (DNA POLYMERASE I);                                

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct aamaftladrvteemladkaalvvevveenyhdapivgiavvnehgrfflrpetaladpq   60
DSSP  llllleelllllhhhhlleeeeeeelllllllllllleeeeeelleeeeelhhhhlllhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct fvawlgdetkkksmfdskraavalkwkgielcgvsfdlllaaylldpaqgvddvraaakm  120
DSSP  hhhhhhlllleeeellhhhhhhhhhlllllllleeeehhhhhhhhlhhhllllhhhhhhl


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct kqyeavrpdeavygkgakravpdepvlaehlvrkaaaiwelerpfldelrrneqdrllve  180
DSSP  llllllllhhhhhllhhhlllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct leqplssilaemefagvkvdtkrleqmgkelaeqlgtveqriyelagqefninspkqlgv  240
DSSP  lhhhhhhhhhhhhhhleeelhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ilfeklqlpvlkktktgystsadvleklapyheivenilhyrqlgklqstyiegllkvvr  300
DSSP  hhhllllllllleelleelllhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhll


DSSP  ..................................................LLLEEEEE..
Query ..................................................SNTLTVQI..    8
ident                                                             
Sbjct pdtkkvhtifnqaltqtgrlsstepnlqnipirleegrkirqafvpsesdWLIFAADYsq  360
DSSP  lllleelleeellllllllleeelllllllllllhhhhhhhhheelllllEEEEEEEEll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    8
ident                                                             
Sbjct ielrvlahiaeddnlmeafrrdldihtktamdifqvsedevtpnmrrqakavnfgivygi  420
DSSP  hhhhhhhhhhllhhhhhhhhllllhhhhhhhhhllllhhhllhhhhhhhhhhhhhhhhll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    8
ident                                                             
Sbjct sdyglaqnlnisrkeaaefieryfesfpgvkrymenivqeakqkgyvttllhrrrylpdi  480
DSSP  lhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhlhhhhhhhhhhhhhhhhhleeellllleeelhhh


DSSP  ...................................................llEEEEELL
Query ...................................................ldKEYCINC   17
ident                                                       |     
Sbjct tsrnfnvrsfaermamntpiqgsaadiikkamidlnarlkeerlqahlllqvhDELILEA  540
DSSP  hlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllleeeeellLEEEEEE


DSSP  LHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHLLllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query PDDERANLESAARYLDGKXReiRSSGkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqessst   77
ident |  |   |                                                    
Sbjct PKEEMERLCRLVPEVMEQAV..TLRV................................pl  566
DSSP  EHHHHHHHHHHHHHHHHHLL..LLLL................................ll


DSSP  hhhhhhhhhhhhll
Query rervrelldrvdra   91
ident               
Sbjct kvdyhygstwydak  580
DSSP  leeeeeelllllll


No 14: 1WE8A  MOLECULE: TUDOR AND KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN;                    

DSSP  .............LLLEEEEELL.....................................
Query .............SNTLTVQILD.....................................   10
ident                                                             
Sbjct gssgssgiltentPVFEQLSVPQrsvgriigrggetirsickasgakitcdkesegtlll   60
DSSP  lllllllllllllEEEEEEEEELllhhhhhllllhhhhhhhhhhlleeeellllllllll


DSSP  .EEEEElLLHH.HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLlhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query .KEYCInCPDD.ERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVIgadrvavxaalnithdllhrke   68
ident      |      | |              | |                            
Sbjct sRLIKI.SGTQkEVAAAKHLILEKVSEDEELRKRIAHS......................   97
DSSP  eEEEEE.EEEHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL......................


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query rldqessstrervrelldrvdra   91
ident                        
Sbjct ................asgpssg  104
DSSP  ................lllllll


No 15: 2Q3QA  MOLECULE: UNCHARACTERIZED PROTEIN AT1G24000;                         

DSSP  .....LLLEEEEEL..............................................
Query .....SNTLTVQIL..............................................    9
ident                                                             
Sbjct stlkgALSVKFDVKcpadkffsafvedtnrpfekngkteieavdlvkktxtiqxsgseiq   60
DSSP  llleeLLEEEEEELllhhhhhhhhhhhllllllllleeeeeeeelllleeeeeeelllhh


DSSP  ...................LEEEEEL...........lLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
Query ...................DKEYCIN...........cPDDERANLESAARYLDGKXREI   39
ident                                       |             ||      
Sbjct kyfktlkgsiavtpigvgdGSHVVWTfhfekvhkdiddPHSIIDESVKYFKKLDEAILNF  120
DSSP  hleeeeeeeeeeeelllllLEEEEEElleeelllllllLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL


DSSP  hhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query rssgkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqessstrervrelldrvdra   91
ident                                                     
Sbjct ....................................................  120
DSSP  ....................................................


No 16: 2PHCB  MOLECULE: UNCHARACTERIZED PROTEIN PH0987;                            

DSSP  .....lLLEEEE..................................elleEEEElLLHH.
Query .....sNTLTVQ..................................ildkEYCInCPDD.   20
ident                                                      |      
Sbjct iikpagDSAFLIsfgdeiseeindrvhslakaiekespewlvelvpayssLLVI.YDPLk   59
DSSP  leeellLLEEEEellllllhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeeelleEEEE.ELLLl


DSSP  .HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLL.................................
Query .ERANLESAARYLDGKXREIRSSGKVI.................................   46
ident       ||          |                                         
Sbjct aSYEEVESYLKRISAREVERIKGKTIEipvayggefgpdiefvaqynglsvddvieihsk  119
DSSP  lLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLEEEeeeeelllllllhhhhhhhhlllhhhhhhhhhl


DSSP  ...................................................lhhhhhhhh
Query ...................................................gadrvavxa   55
ident                                                             
Sbjct plyrvyflgflpgfaylggmderiatprlekprlkvpagsvgiagkqtgwyaiespggwr  179
DSSP  lleeeeeeelllleeeeelllhhhlllllllleeeellleeeeelleeeeellleeelle


DSSP  hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query alnithdllhrkerldqessstrervrelldrvdra   91
ident                                     
Sbjct iigriplrtfnpgkvppsivlpgdyvkfvpidekfw  215
DSSP  eeeelllllllllllllllllllleeeeeeelllll


No 17: 2BX2L  MOLECULE: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*               

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct ahiegrhmkrmlinatqqeelrvalvdgqrlydldiespgheqkkaniykgkitriepsl   60
DSSP  lllllllleeeeeelllllleeeeeeelleeeeeeeelllllllllleeeeeeeeeelll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct eaafvdygaerhgflplkeiareyfprpnikdvlregqevivqidkeergnkgaalttfi  120
DSSP  leeeeelllllleeeehhhllhhhlllllhhhlllllleeeeeeeelllllllleeelll


DSSP  ..lllEEEEEL..........................LEEEEEL...lLHHHHHHHHHHH
Query ..sntLTVQIL..........................DKEYCIN...cPDDERANLESAA   29
ident        |                                           |        
Sbjct slagsYLVLMPnnpraggisrrielkealaslelpegMGLIVRTagvgKSAEALQWDLSF  180
DSSP  leellLEEEELlllllleelllllhhhhhllllllllLEEEELHhhhhLLHHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHHHLLL..lLLHHHH.......hhhhhhhhhhhhhhhhHHHH.........
Query RYLDGKXREIRSSGK..vIGADRV.......avxaalnithdllhrkERLD.........   71
ident |                                                           
Sbjct RLKHWEAIKKAAESRpapFLIHQEsnvivrafrdylrqdigeilidnPKVLelarqhiaa  240
DSSP  HHHHHHHHHHHHHLLlllEEEELLllhhhhhhhhhlllleeeeeellHHHHhhhhhhhhh


DSSP  ...........hhhhhhHHHHHHHH...................................
Query ...........qessstRERVRELL...................................   85
ident                                                             
Sbjct lgrpdfsskiklytgeiPLFSHYQIesqiesafqrevrlpsggsividstealtaidins  300
DSSP  lllhhhhlleeelllllLHHHHLLLhhhhhhlllleeellllleeeeeelllleeeeeel


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   85
ident                                                             
Sbjct argdieetafntnleaadeiarqlrlrdlgglividfidmtpvrhqravenrlreavrqd  360
DSSP  llllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhlllleeeeeellllllhhhhhhhhhhhhhhllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   85
ident                                                             
Sbjct rariqishisrfgllemsrqrlspslgesshhvcprcsgtgtvrdneslslsilrlieee  420
DSSP  llleeeeeelllleeeeeellllllhhhhhlllllllllllllllhhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   85
ident                                                             
Sbjct alkentqevhaivpvpiasyllnekrsavnaietrqdgvrcvivpndqmetphyhvlrvr  480
DSSP  hhllleeeeeeeelhhhhhhhllllhhhhhhhhhhlllleeeeeellllllllleeeeee


DSSP  ..............hhhhll
Query ..............drvdra   91
ident                     
Sbjct kgeetptlsymlpklheeam  500
DSSP  llllllllhhhhhhhhllll


No 18: 2BBFA  MOLECULE: TRNA GUANINE TRANSGLYCOSYLASE;                             

DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct rprfsfsiaaregkartgtiemkrgvirtpafmpvgtaatvkalkpetvratgadiilgn   60
DSSP  lllleeeeeeeelleeeeeeeelleeeeeleeellllllllllllhhhhhhllllleeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct tyhlmlrpgaeriaklgglhsfmgwdrpiltdsggyqvmsltkqseegvtfkshlsrhml  120
DSSP  hhhhhhlllhhhhhhlllhhhhhllllleeeelllllllllleeelleeeeelllleeee


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct spersieiqhllgsdivmafdectpypatpsraassmersmrwakrsrdafdsrkeqaen  180
DSSP  lhhhhhhhhhhhllleeelllllllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................    0
ident                                                             
Sbjct aalfgiqqgsvfenlrqqsadalaeigfdgyavgglavgegqdemfrvldfsvpmlpddk  240
DSSP  leeeeeelllllhhhhhhhhhhhhhhllleeeellllllllhhhhhhhhhhhhhhlllll


DSSP  .................................lLLEEEEEllEEEEEL...........
Query .................................sNTLTVQIldKEYCIN...........   16
ident                                   |                         
Sbjct phylmgvgkpddivgavergidmfdcvlptrsgrNGQAFTW..DGPINIrnarfsedlkp  298
DSSP  leeelllllhhhhhhhhllllleeellhhhhhhhHLEELLL..LLLEELllhhhllllll


DSSP  ...........................llHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLL.LLH
Query ...........................cpDDERANLESAARYLDGKXREIRSSGKV.IGA   48
ident                                       |             |       
Sbjct ldsechcavcqkwsrayihhlirageilgAMLMTEHNIAFYQQLMQKIRDSISEGRfSQF  358
DSSP  lllllllhhhhhllhhhhhhhhhlllhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLhHHH


DSSP  HHHHHhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhll
Query DRVAVxaalnithdllhrkerldqessstrervrelldrvdra   91
ident                                            
Sbjct AQDFR..................................aryf  367
DSSP  HHHHH..................................hhhl


No 19: 1Z1BA  MOLECULE: INTEGRASE;                                                 

DSSP  .............LLLEEEEEL..LEEEEELLlhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhllll
Query .............SNTLTVQIL..DKEYCINCpddERANLESAARYLDGKXREIrssgkv   45
ident                          ||         |      |                
Sbjct errdlppnlyirnNGYYCYRDPrtGKEFGLGR...DRRIAITEAIQANIELFSG......   51
DSSP  lllllllleeeelLLEEEEELLllLLEEEEEL...LHHHHHHHHHHHHHHHHHL......


DSSP  llhhhhhhHHHHhhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLL..............
Query igadrvavXAALniTHDLLHRKERLDQESSSTRERVRELLDRVDRA..............   91
ident                              |        |  |                  
Sbjct ........HKHK..PLTARINSDNSVTLHSWLDRYEKILASRGIKQktlinymskikair  101
DSSP  ........LLLL..LHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHHHHHHLLLLLHhhhhhhhhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   91
ident                                                             
Sbjct rglpdapledittkeiaamlngyidegkaasaklirstlsdafreaiaeghittnhvaat  161
DSSP  hhlllllhhhllhhhhhhhhhhhhhlllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhllllllllllll


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   91
ident                                                             
Sbjct raakskvrrsrltadeylkiyqaaesspcwlrlamelavvtgqrvgdlcemkwsdivdgy  221
DSSP  lllllllllllllhhhhhhhhhhlllllhhhhhhhhhhhhhlllhhhhllllhhheelle


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   91
ident                                                             
Sbjct lyveqsktgvkiaiptalhidalgismketldkckeilggetiiastrreplssgtvsry  281
DSSP  eeeelllllleeeeellleelllleehhhhhhhhhhhllllllllllllllllhhhhhhh


DSSP  ............................................................
Query ............................................................   91
ident                                                             
Sbjct fmrarkasglsfegdpptfhelrslsarlyekqisdkfaqhllghksdtmasqxrddrgr  341
DSSP  hhhhhhhhllllllllllllhhhhhhhhhhhhhllhhhhhhhhllllhhhhhhhllllll


DSSP  ........
Query ........   91
ident         
Sbjct ewdkieik  349
DSSP  lleellll


No 20: 1LXNA  MOLECULE: HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1187;                              

DSSP  LLLEEEEEL..............................leEEEELLLHH.HHHHHHHHH
Query SNTLTVQIL..............................dkEYCINCPDD.ERANLESAA   29
ident   |                                             |  |      ||
Sbjct XITAELTVIplgtcstslssyvaaavealkklnvryeisgxGTLLEAEDLdELXEAVKAA   60
DSSP  LEEEEEEEEellllllllhhhhhhhhhhhllllleeeeellEEEEEELLHhHHHHHHHHH


DSSP  HHHHHHHHHHHhllllllhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh
Query RYLDGKXREIRssgkvigadrvavxaalnithdllhrkerldqessstrervrelldrvd   89
ident           |                                                 
Sbjct HEAVLQAGSDR.......................vyttlkiddrrdadrglrdkvesvke   97
DSSP  HHHHHHLLLLE.......................eeeeeeeeeellllllhhhhhhhhhh


DSSP  ll
Query ra   91
ident   
Sbjct ki   99
DSSP  hl


No 21: 2OTJE  MOLECULE: 23S RIBOSOMAL RNA;                                         

DSSP  lllEEEEELL.......................................EEEEELLLHH.
Query sntLTVQILD.......................................KEYCINCPDD.   20
ident      |                                                      
Sbjct ...PRVELEIpedvdaeqdhlditvegdngsvtrrlwypdidvsvdgdtVVIESDEDNAk   57
DSSP  ...LEEEEELlllleeeeelleeeeeelleeeeeellllleeeeeelleEEEEELLLLHh


DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH.......................................
Query ERANLESAARYLDGKXREIRS.......................................   41
ident                                                             
Sbjct TMSTIGTFQSHIENMFHGVTEgweygmevfyshfpmqvnvegdevvienflgekaprrtt  117
DSSP  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLleeeeeeeelllllleeeellleeeeelhhhlllleeee


DSSP  ...llllllhhhhhhhhhhHHHHHHHHHHHHHHHHHhhHHHHH....hhhhhhhhll
Query ...sgkvigadrvavxaalNITHDLLHRKERLDQESssTRERV....relldrvdra   91
ident                     |                                    
Sbjct ihgdtdveidgeeltvsgpDIEAVGQTAADIEQLTR..INDKDvrvfqdgvyitrkp  172
DSSP  llllleeeeelleeeeeelLHHHHHHHHHHHHHHLL..LLLLLlllllleeeeeell